日本自2004年開始針對彈道飛彈防衛系統（Ballistic Missile Defense, BMD）進行整備，於2005年隨著自衛隊法的修訂、安全保障會議及閣議決定與美國共同開發防空飛彈裝備來攔截具有遠距離飛行能力的洲際彈道飛彈。該日美共同開發的飛彈為，近期將搭載於海上自衛隊神盾艦上的標準3型2A批次（SM-3 Block IIA），該飛彈為日本三菱重工與美國雷神共同研發，藉由改善舊型標準3型的火箭引擎及導引能力來擴大攔截半徑、攔截高度，最高可以達到超過1000公里之高度，更加強該型號高彈道的攔截能力。據時事通信社報導指出，自衛隊於今年3月底，已自美方獲得標準3型2A批次並將部署於海自愛宕級、摩耶級神盾艦使用。 

除了神盾艦的反彈道飛彈能力外，日本也部署愛國者3型防空飛彈（PAC-3）。日本自1994年開始使用愛國者3型，隨著科技的進步日本也不斷改善其防空飛彈硬體設施。面對火箭助推滑翔構形彈（Hypersonic Glide Vehicle, HGV）、多目標重返大氣層載具等複雜的彈道飛彈威脅，日本擬購買新型低層防空與飛彈防禦用感測器（Lower Tier Air and Missile Defense Sensor, LTAMDS）雷達。該雷達雖與原有愛國者雷達相同大小，但具有其2倍以上之功率並擁有針對超音速武器之能力，再搭配升級後的愛國者飛彈使得日本的防空能力更上一層。 

日本的BMD系統主要便由神盾艦的上層攔截與愛國者的下層攔截，達到較全面得攔截範圍；兩者再加上日本的自動警戒管制系統JADGE（Japan Aerospace Defense Ground Environment）與自衛隊各地的防空雷達、預警機、衛星等進行情報上統整，自動計算可能落下地點及發起擊落命令。根據自衛隊法82條之3，在飛彈可能攻擊日本的狀況下，現場指揮官有權直接攔截。BMD系統主要透過BMD統合任務部隊進行管理，該部隊由航空自衛隊航空總隊司令官作為指揮官統一管理。未來日本也希望能夠藉由JADGE系統將陸海空的所有資源連接，更有效率的分配資源、攔截方式。